El Centro tiene como órgano de gobierno una Dirección constituida por un/a director/a y la Comisión Directiva.
La Comisión Directiva se elige a través de una votación de todos los investigadores del Centro, excepto los asociados, en que se eligen cinco miembros (y un suplente).
La Comisión Directiva está integrada por:
Tres investigadores principales de proyectos, siendo al menos uno de ellos investigador responsable de línea.
Dos investigadores de posgrado.
Dos suplentes por cada categoría.
Actualmente la Comisión Directiva está integrada por:
Álvaro Cabana - Director
Victoria Gradín - Subdirectora
Juan Valle Lisboa- Investigador principal
Hernán Delgado - Investigador de posgrado
Germán Cipriani - Investigador de posgrado
Emilia Fló - Suplente Investigador principal
Leandro Machín - Suplente de Investigador de posgrado
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