El Centro tiene como órgano de gobierno una Dirección constituida por un/a director/a y la Comisión Directiva.
La Comisión Directiva se elige a través de una votación de todos los investigadores del Centro, excepto los asociados, en que se eligen cinco miembros (y un suplente).
La Comisión Directiva está integrada por:
- Tres investigadores principales de proyectos, siendo al menos uno de ellos investigador responsable de línea.
- Dos investigadores de posgrado.
- Dos suplentes por cada categoría.
Actualmente la Comisión Directiva está integrada por:
Álvaro Cabana - Director
Victoria Gradín - Subdirectora
Verónica Nin - Investigadora principal
Hernán Delgado - Investigador de posgrado
Emilia Fló - Investigadora de posgrado
Gastón Ares - Suplente Investigador principal
Valentina Paz - Suplente de Investigador de posgrado
Camila Zugarramurdi - Suplente de Investigador de posgrado
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